No me pasó la primera vez que lo usé, pero durante la instalación en la computadora de mi pingüinita batallé horrores para actualizarlo.
jdownloader actualización
Recién instalado me decía que existían 20 actualizaciones disponibles, según esto terminaba para luego reiniciar e indicarme que había 11 actualizaciones más y de ahí no salí. :S
Luego se me ocurrió algo, no estoy seguro si es la solución definitiva, pero ya me funcionó, así que se los dejo como tip a ver si a ustedes también les funciona.
El chiste es cerrar JDownloader, y esto es bien importante, para estar seguros busquen todos los procesos javaw ( o java ) en el Administrador de tareas y finalicen su ejecución.
Finalizar el proceso Javaw
Luego abran una terminal de Windows, vayan al directorio donde tienen instalado JDownloader y ejecuten el actualizador de esta manera.
java -jar jdupdate.jar
Y déjenlo que haga su trabajo, si todo salio bien, después de un rato tendrán el programa debidamente actualizado.