Atendiendo a la pregunta de Captain Zion … en su comentario
_“Hola buenas linuxman, tu sabes como puedo iniciar el conteo de las facturas ya las elimine desde la base de datos para que empieze de 0 pero veo que no lo respeta. manda el consecutivo de las siguientes numeraciones. Bueno espero que tu sepas donde las aloja , ya me volvi loco con editarlas. Saludos”
_
Este es un problema muy común, quizás no es importante cuando estamos haciendo pruebas, pero al hacer una instalación final si nos gustará comenzar desde cero.
Afortunadamente es muy sencillo de corregir con phpMyAdmin .
Abrimos la tabla facturas, podemos ver que el valor de autoindex esta en 123

El valor de autoindex
En una base de datos en blanco supongo que quieres que ese valor sea 1.
En el menú operaciones , cambiamos el valor de auto_increment a 1 que es el valor que deseamos.

Menú operaciones
Y eso es todo !!!, al dar de alta otra factura en codeka mx, se puede ver que ya sigue la secuencia correcta :)

Autoindex corregido
Nada más como sugerencia, este tipo de ajustes solamente se recomiendan en instalaciones nuevas, porque es muy fácil crear inconsistencias en la base de datos.