Los síntomas.
Ya son dos ocasiones que me encuentro con este problema en Ubuntu 12.04 y para ser honesto, no recuerdo haberlo tenido en versiones anteriores de Gnome o de Ubuntu.
El problema es que utiliza el punto como separador de miles y la coma para indicar la parte decimal tal y como se usa en se usa en España, pero en México es lo opuesto. Lo raro es que en la especificación de moneda si utiliza correctamente el punto para indicar la parte decimal.

Formato de número y moneda para México
El bug ya esta reportado, pero mientras lo corrigen esta es la solución que me funcionó.
La solución.
Lo primero es editar este archivo:
sudo gedit /usr/share/i18n/locales/es_MX
Y buscar las lineas que dicen:
LC_NUMERIC
copy "es_ES"
END LC_NUMERIC

Editando el archivo es_MX
Como pueden ver el formato de número es una copia del que se usa en España, no no no, muy mal, cambiamos esas líneas por estas otras y guardamos el archivo.
LC_NUMERIC
decimal_point ""
thousands_sep ""
grouping 3;3
END LC_NUMERIC
Y aplicamos los cambios con:
sudo dpkg-reconfigure locales
Reiniciamos y listo !!!.
Con Manjaro Linux
Con Manjaro Linux ocurre el mismo problema, y se corrige de manera muy similar.
Edité el mismo archivo e hice los mismos cambios que con Ubuntu, pero para aplicar los cambios usé la instrucción:
sudo locale-gen
De esta manera se corrige el formato de número en Manjaro para México como pueden ver en esta imagen.

Ajustando los formatos de número en Manjaro Linux
Si gustan, pueden revisar el archivo es_MX ya corregido:
comment_char %
escape_char /
%
% Spanish language locale for Mexico
% Source: RAP
% Address: Sankt Jo//rgens Alle 8
% DK-1615 Ko//benhavn V, Danmark
% Contact: Keld Simonsen
% Email: Keld.Simonsen@dkuug.dk
% Tel: +45 - 31226543
% Fax: +45 - 33256543
% Language: es
% Territory: MX
% Revision: 4.4
% Date: 1997-11-05
% Application: general
% Users: general
% Repertoiremap: mnemonic.ds
% Charset: ISO-8859-1
% Distribution and use is free, also
% for commercial purposes.
LC_IDENTIFICATION
title "Spanish locale for Mexico"
source "RAP"
address "Sankt J<U00F8>rgens Alle 8, DK-1615 K<U00F8>benhavn V, Danmark"
contact ""
email "bug-glibc-locales@gnu.org"
tel ""
fax ""
language "Spanish"
territory "Mexico"
revision "1.0"
date "2000-06-29"
%
category "es_MX:2000";LC_IDENTIFICATION
category "es_MX:2000";LC_CTYPE
category "es_MX:2000";LC_COLLATE
category "es_MX:2000";LC_TIME
category "es_MX:2000";LC_NUMERIC
category "es_MX:2000";LC_MONETARY
category "es_MX:2000";LC_MESSAGES
category "es_MX:2000";LC_PAPER
category "es_MX:2000";LC_NAME
category "es_MX:2000";LC_ADDRESS
category "es_MX:2000";LC_TELEPHONE
END LC_IDENTIFICATION
LC_COLLATE
copy "es_ES"
END LC_COLLATE
LC_CTYPE
copy "es_ES"
END LC_CTYPE
LC_MESSAGES
copy "es_ES"
END LC_MESSAGES
LC_MONETARY
int_curr_symbol "<U004D><U0058><U004E><U0020>"
currency_symbol "<U0024>"
mon_decimal_point "<U002E>"
mon_thousands_sep "<U002C>"
mon_grouping 3;3
positive_sign ""
negative_sign "<U002D>"
int_frac_digits 2
frac_digits 2
p_cs_precedes 1
p_sep_by_space 1
n_cs_precedes 1
n_sep_by_space 1
p_sign_posn 1
n_sign_posn 1
END LC_MONETARY
LC_NUMERIC
decimal_point "<U002E>"
thousands_sep "<U002C>"
grouping 3;3
END LC_NUMERIC
LC_TIME
abday "<U0064><U006F><U006D>";"<U006C><U0075><U006E>";/
"<U006D><U0061><U0072>";"<U006D><U0069><U00E9>";/
"<U006A><U0075><U0065>";"<U0076><U0069><U0065>";/
"<U0073><U00E1><U0062>"
day "<U0064><U006F><U006D><U0069><U006E><U0067><U006F>";/
"<U006C><U0075><U006E><U0065><U0073>";/
"<U006D><U0061><U0072><U0074><U0065><U0073>";/
"<U006D><U0069><U00E9><U0072><U0063><U006F><U006C><U0065><U0073>";/
"<U006A><U0075><U0065><U0076><U0065><U0073>";/
"<U0076><U0069><U0065><U0072><U006E><U0065><U0073>";/
"<U0073><U00E1><U0062><U0061><U0064><U006F>"
abmon "<U0065><U006E><U0065>";"<U0066><U0065><U0062>";/
"<U006D><U0061><U0072>";"<U0061><U0062><U0072>";/
"<U006D><U0061><U0079>";"<U006A><U0075><U006E>";/
"<U006A><U0075><U006C>";"<U0061><U0067><U006F>";/
"<U0073><U0065><U0070>";"<U006F><U0063><U0074>";/
"<U006E><U006F><U0076>";"<U0064><U0069><U0063>"
mon "<U0065><U006E><U0065><U0072><U006F>";/
"<U0066><U0065><U0062><U0072><U0065><U0072><U006F>";/
"<U006D><U0061><U0072><U007A><U006F>";/
"<U0061><U0062><U0072><U0069><U006C>";/
"<U006D><U0061><U0079><U006F>";/
"<U006A><U0075><U006E><U0069><U006F>";/
"<U006A><U0075><U006C><U0069><U006F>";/
"<U0061><U0067><U006F><U0073><U0074><U006F>";/
"<U0073><U0065><U0070><U0074><U0069><U0065><U006D><U0062><U0072><U0065>";/
"<U006F><U0063><U0074><U0075><U0062><U0072><U0065>";/
"<U006E><U006F><U0076><U0069><U0065><U006D><U0062><U0072><U0065>";/
"<U0064><U0069><U0063><U0069><U0065><U006D><U0062><U0072><U0065>"
d_t_fmt "<U0025><U0061><U0020><U0025><U0064><U0020><U0025><U0062><U0020><U0025><U0059><U0020><U0025><U0054><U0020><U0025><U005A>"
d_fmt "<U0025><U0064><U002F><U0025><U006D><U002F><U0025><U0079>"
t_fmt "<U0025><U0054>"
am_pm "";""
t_fmt_ampm ""
date_fmt "<U0025><U0061><U0020><U0025><U0062><U0020><U0025><U0065>/
<U0020><U0025><U0048><U003A><U0025><U004D><U003A><U0025><U0053><U0020>/
<U0025><U005A><U0020><U0025><U0059>"
END LC_TIME
LC_PAPER
height 279
width 216
END LC_PAPER
LC_TELEPHONE
tel_int_fmt "<U002B><U0025><U0063><U0020><U0025><U0061><U0020><U0025>/
<U006C>"
int_prefix "<U0035><U0032>"
END LC_TELEPHONE
LC_MEASUREMENT
% FIXME
measurement 1
END LC_MEASUREMENT
LC_NAME
name_fmt "<U0025><U0064><U0025><U0074><U0025><U0067><U0025><U0074>/
<U0025><U006D><U0025><U0074><U0025><U0066>"
END LC_NAME
LC_ADDRESS
postal_fmt "<U0025><U0066><U0025><U004E><U0025><U0061><U0025><U004E>/
<U0025><U0064><U0025><U004E><U0025><U0062><U0025><U004E><U0025><U0073>/
<U0020><U0025><U0068><U0020><U0025><U0065><U0020><U0025><U0072><U0025>/
<U004E><U0025><U007A><U0020><U0025><U0054><U0025>/
<U004E><U0025><U0063><U0025><U004E>"
country_ab2 "<U004D><U0058>"
country_ab3 "<U004D><U0045><U0058>"
country_num 484
END LC_ADDRESS