Llevo tiempo luchando con este problema. No me pasa frecuentemente, así que se puede decir que es uno de esos detalles escurridizos de Linux.
Les cuento, al copiar archivos grandes, digamos de más de 1 GB en un dispositivo USB, justo antes de terminar la copia aparece el siguiente error:

error al unir el archivo
Error al unir el archivo.
Error de entrada/salida
¿Quiere omitirlo?
Lo puedo intentar varias veces y nada, incluso he eliminado archivos para hacerle más espacio y lo mismo.
Si por ejemplo, intento copiar 2 GB en archivos pequeños, en ese caso nunca he tenido problemas, sólo en archivos individuales de gran tamaño.
Al principio creí que era un detalle en la memoria USB, algún problema con la electrónica, pero ya intenté copiar los archivos después de formatearla y vuelve a aparecer el error. Lo mismo ocurre con dispositivos USB de distintas marcas y capacidades.
Lo que le añade un grado extra de dificultad para encontrar una solución es que no siempre pasa, a veces sí, otras no. Me mortifica un poco porque me hace perder tiempo.
Luego pensé que podría ser un bug de Thunar el administrador de archivos de XFCE, pero luego de instalar y hacer algunas pruebas con Archivos ocurre algo muy similar.

Error al unir el archivo - Files
Hasta el momento, lo único que me ha funcionado sin falla es copiar los archivos con rsync , de esa forma, la copia funciona perfectamente. Ya sean un archivo grande o muchos pequeños rsync sale airoso.

Si no son los manejadores de archivos, se me ocurre que puede ser un problema con alguna opción del kernel. Pero no he encontrado en internet algo que respalde esta teoría.
Podría ser algún problemilla con FAT32 el sistema de archivos que uso en las USB por tema de compatibilidad, pero rsync completa la tarea sin mayor problema.
¿Les ha pasado algo similar? Cualquier sugerencia será bienvenida.